Ένα από τα σημαντικότερα ιερά της αρχαίας Θήβας ήταν το ιερό του Ισμηνίου Απόλλωνος, στον ομώνυμο λόφο νοτιοανατολικά της αρχαίας πόλης. Ο λόφος χρησιμοποιήθηκε ήδη από τον 15ο αι. π.Χ., καθώς εκεί βρισκόταν ένα από τα τρία μεγάλα νεκροταφεία λαξευτών θαλαμωτών τάφων της μυκηναϊκής Θήβας.
Αργότερα ιδρύθηκε εκεί το φημισμένο ιερό, η ιστορία του οποίου έχει να επιδείξει τρεις διαδοχικούς ναούς που κατασκευάστηκαν στο χώρο αυτό κατά την αρχαιότητα. Ο πρώτος κτίστηκε γύρω στα τέλη του 8ου αι. π.Χ. και μετά την καταστροφή του αντικαταστάθηκε στους αρχαϊκούς χρόνους από άλλο ναό, δωρικού ρυθμού, που διατηρήθηκε ως τις αρχές του 4ου αι. π.Χ. Τότε κτίστηκε ο τρίτος ναός, δωρικός περίπτερος, ο οποίος πιθανώς δεν ολοκληρώθηκε ποτέ. Σ' αυτόν ανήκουν τα κατάλοιπα της θεμελίωσης που είναι σήμερα ορατά στην κορυφή του λόφου. Κατά τη μαρτυρία του Παυσανία, στην είσοδο του ιερού υπήρχαν αγάλματα του Ερμή και της Αθηνάς, τα οποία η παράδοση απέδιδε στους μεγάλους γλύπτες Φειδία και Σκόπα. Στο ιερό υπήρχαν πολλά αφιερώματα, κυρίως αγάλματα και τρίποδες με αναθηματικές επιγραφές. Αργότερα ο λόφος χρησιμοποιήθηκε ως παλαιοχριστιανικό και βυζαντινό νεκροταφείο με κτιστούς τάφους που βρισκόταν σε χρήση μέχρι και τον 12ο αι. μ. Χ.