Η Αρχαϊκή περίοδος χωρίζεται συμβατικά σε δυο φάσεις, την Πρώιμη (700-600 π.Χ.) και την Ύστερη (600-480π.Χ.). Οργανώνονται οι πόλεις–κράτη και δημιουργείται το Κοινό των Βοιωτών. Ο Ησίοδος από τη βοιωτική Άσκρη συνθέτει τα φημισμένα ποιήματά του. Εδραιώνεται ο ανταγωνισμός με τη γειτονική Αττική. Το τέλος των περσικών πολέμων βρίσκει το μεγαλύτερο τμήμα της Βοιωτίας μεταξύ των ηττημένων.
Στην αρχή της αρχαϊκής περιόδου ένα νέο κύμα αποικισμού απλώθηκε στη λεκάνη της Μεσογείου έως και τον Εύξεινο Πόντο, αναδεικνύοντας μια τάξη εύπορων εμπόρων, η οποία απαίτησε μερίδιο στην εξουσία. Ταυτόχρονα, μικροκαλλιεργητές και τεχνίτες διεκδίκησαν προστασία από τις αυθαιρεσίες της άρχουσας αριστοκρατικής τάξης και σε ορισμένες περιπτώσεις πέτυχαννα διατυπωθούν οι πρώτοι γραπτοί νόμοι.
Στις αρχές του 7ου αιώνα π.Χ. εμφανίστηκε ένας νέος στρατιωτικός σχηματισμός, η οπλιτική φάλαγγα, η οποία άλλαξε την τακτική των πολεμικών συγκρούσεων και υποβάθμισε το αριστοκρατικό ιδεώδες του ανεξάρτητου πολεμιστή.
Την πρώιμη αρχαϊκή εποχή ολοκληρώθηκε ο μετασχηματισμός των παλαιών μικρών οικισμών σε πόλεις–κράτη, ο οποίος είχε αρχίσει την προηγούμενη περίοδο, και εγκαθιδρύθηκαν νέα πολιτικά καθεστώτα.
Η Βοιωτία δεν συμμετείχε ενεργά στον αποικισμό, ίσως γιατί οι κοινωνικές αναστατώσεις στην επικράτειά της δεν είχαν μεγάλη ένταση. Ωστόσο η αμφισβήτηση της εξουσίας των αρχόντων διατυπώνεται και εδώ, όπως προκύπτει από το έργο του Βοιωτού ποιητή Ησίοδου.
Πολυπληθείς είναι οι εισαγωγές προϊόντων, αρχικά από την Κόρινθο και έπειτα από την Αττική. Γύρω στο 520 π.Χ. ιδρύεται το Κοινό των Βοιωτών, μια ομοσπονδία βοιωτικών πόλεων. Όσες μετείχαν στο Κοινό χρησιμοποιούσαν κοινό νομισματικό τύπο με τη βοιωτική ασπίδα στη μία όψη, ενώ οι ανεξάρτητες πόλεις εξέδιδαν δικά τους νομίσματα.
Η εισβολή ωστόσο των Περσών, λίγες δεκαετίες αργότερα, θα διαφοροποιήσει τη στάση των μελών του Κοινού. Οι περισσότερες βρέθηκαν στο εχθρικό στρατόπεδο, ενώ οι Θεσπιές και οι Πλαταιές τάχθηκαν με το μέρος των Ελλήνων.
Το τέλος της περιόδου σημαδεύεται από τους Περσικούς πολέμους, η τελευταία μάχη των οποίων διαδραματίζεται σε βοιωτικό έδαφος (μάχη των Πλαταιών, 479 π.Χ.) και σημαίνει την προσωρινή πολιτική υποβάθμιση της Θήβας.
Η ενότητα 7 ξεκινά με την Προθήκη 104, όπου εκτίθεται χαρακτηριστικό αρχαϊκό ειδώλιο καθιστής γυναίκας με εντυπωσιακά σωζόμενα χρώματα. Στις Προθήκες 105-106 και στο βάθρο 27 εκτίθενται αντικείμενα που σχετίζονται με τη γραφή, τη νομισματοκοπία και το δημόσιο αρχείο της Θήβας, ενώ στην Προθήκη 108 ο επισκέπτης θα δει την ανασύνθεση μιας εντυπωσιακής ασπίδας από το Ακραίφνιο.
Στις Προθήκες 109-111 παρουσιάζονται σκηνές μάχης, οπλίτες και ιππείς σύμφωνα με την τέχνη της εποχής.
Στη συνέχεια αναπτύσσεται η θεματική ενότητα των ιερών (βάθρα 28-41 και Προθ. 107-117). Εντυπωσιακό έκθεμα αποτελεί η σειρά των Κούρων από τον ναό του Απόλλωνα Πτώου στο Ακραίφνιο (βάθρα 28-32) και τα χάλκινα αναθήματα στις Προθήκες 107-116.
Σημαντικό εύρημα από το ίδιο ιερό αποτελεί το κιονόκρανο–βάση κούρου, που αφιέρωσε ένα μέλος της αθηναϊκής αριστοκρατικής οικογένειας των Αλκμαιωνιδών γύρω στα 550-540 π.Χ., από την οποία καταγόταν και ο Περικλής (βάθρο 34).
Λίγο αργότερα, ο Πεισιστρατίδης Ίππαρχος ανέθεσε το δικό του έργο, απόδειξη του ισχυρού ανταγωνισμού μεταξύ των δύο αθηναϊκών οικογενειών, ο οποίος ξεπερνούσε τα όρια της Αττικής.
Σύμφωνα με τον Ηρόδοτο, χρησμό από το μαντείο είχε ζητήσει και ο Πέρσης Μαρδόνιος. Στο βάθρο 41 εκτίθεται ενεπίγραφος κίονας στον οποίο μνημονεύεται η θαυμαστή επανεύρεση της χρυσής ασπίδας, την οποία είχε αφιερώσει ο βασιλιάς της Λυδίας Κροίσος στον ήρωα Αμφιάραο και είχε δει ο Ηρόδοτος στο ιερό του Απόλλωνα Ισμηνίου στη Θήβα.
Στην Προθήκη 115 παρουσιάζονται οι αθλητικοί αγώνες, που συνδέονταν πάντα με θρησκευτικές εορτές. Στην Προθήκη 117 εκτίθενται αναθήματα από το σπήλαιο των Λειβηθριδών Νυμφών στην Κορώνεια, και στα βάθρα 35-36 άγαλμα κούρου και καθιστής θεάς από ναούς στην Εύτρηση. Στα βάθρα 37-40 και στις Προθήκες 112-114 παρουσιάζονται γλυπτά και αναθήματα από το ιερό του Ηρακλή στη Θήβα. Ξεχωρίζει ο κρατήρας της Προθήκης 113 με παράσταση αρπαγής της Δηιάνειρας, έργο Βοιωτού καλλιτέχνη, και το τμήμα κρατήρα με παράσταση πλοίου, ο οποίος ίσως διακοσμήθηκε από Αθηναίο αγγειογράφο που εργάστηκε στη Βοιωτία το β΄ τέταρτο του 7ου αιώνα π.Χ.
Η Προθήκη 118 είναι αφιερωμένη στην απεικόνιση μουσικών και θεατρικών δρωμένων, καθώς και χορού. Μοναδικό έργο είναι ο μελανόμορφος σκύφος αρ. 1 από την Τανάγρα με χορό μεταμφιεσμένων γερόντων, ίσως σκηνή από κάποιο άγνωστο σήμερα θεατρικό έργο.
Στη συνέχεια (Προθ. 119-122) ο επισκέπτης γνωρίζει τις καθημερινές ασχολίες των ανθρώπων της αρχαϊκής Βοιωτίας, από όπου ξεχωρίζουν το ειδώλιο του άνδρα που τρίβει τυρί σε λεκάνη από τη Ριτσώνα και το ειδώλιο της γυναίκας που ζυμώνει.
Η Προθήκη 123 παρουσιάζει τα κεραμικά και κοροπλαστικά βοιωτικά εργαστήρια. Διακρίνεται ο μελαμβαφής κάνθαρος, με την υπογραφή του Αθηναίου αγγειοπλάστη Τεισία, ο οποίος εργαζόταν στην Τανάγρα στα τέλη του 6ου αιώνα π.Χ., καθώς και τα αγγεία τοπικών εργαστηρίων του ρυθμού «των βοιωτικών πτηνών». Στην Προθήκη 124 τα εισηγμένα αγγεία δίνουν μια εικόνα των εμπορικών συναλλαγών της Βοιωτίας με άλλες περιοχές.
Οι Προθήκες 125-127 και τα βάθρα 42-47 περιλαμβάνουν χαρακτηριστικά κτερίσματα αρχαϊκών τάφων,όπως κεραμική, ειδώλια, νομίσματα, πήλινα και χάλκινα αντικείμενα, καθώς και επιτύμβια μνημεία από τη Βοιωτία. Αξιοπρόσεκτα εκθέματα στην Προθήκη 126 είναι ο πολύχρωμος πόλος, ομοίωμα τελετουργικού καλύμματος κεφαλής από τη Ριτσώνα, και τα χαριτωμένα ειδώλια σκύλων.
Η ενότητα των ταφικών εθίμων ολοκληρώνεται εντυπωσιακά με την επιτύμβια στήλη του νεαρού Μνασίθεου από το Ακραίφνιο, έργο του Αθηναίου γλύπτη Φιλέργου ή Φιλούργου (βάθρο 47).
