Η άλωση της Κωνσταντινούπολης το 1453 από τον σουλτάνο Μωάμεθ Β΄ σηματοδοτεί το οριστικό τέλος της Βυζαντινής Αυτοκρατορίας. Έκτοτε, οι Οθωμανοί εδραιώνονται στην ανατολική Μεσόγειο, συγκροτώντας μία αχανή αυτοκρατορία.
Η Βοιωτία προσαρτάται οριστικά στους Οθωμανούς το 1460, υπαγόμενη στο σαντζάκι του Ευρίπου, μεγάλη διοικητική περιφέρεια με έδρα τη Χαλκίδα. Διαιρείται σε δύο μεγάλους καζάδες (διοικητικές περιφέρειες) της «Ιστίφας» (Θήβας) και της Λιβαδειάς.
Οι περιηγητές περιγράφουν με εντυπωσιασμό τις πλούσιες αρχοντικές κατοικίες της Θήβας και της Λιβαδειάς, τους ολάνθιστους κήπους και τις κρήνες, όπου όμορφες κοπέλες πλένουν ασπρόρουχα. Στα πολύβουα παζάρια πωλούνται κάθε είδους προϊόντα, ενώ πολυτελή κεραμικά σκεύη εισάγονται από Ιταλία και Μικρά Ασία.
Η ορθόδοξη πίστη βρίσκεται στο επίκεντρο της ζωής των χριστιανικών πληθυσμών της Βοιωτίας με τα μοναστήρια της περιοχής, όπως του Οσίου Λουκά ή του Οσίου Σεραφείμ στη Δομβραίνα να αναδεικνύονται σε σημαντικά πνευματικά κέντρα.
Κατά την Ελληνική Επανάσταση του 1821 η Βοιωτία βρίσκεται στο επίκεντρο των συγκρούσεων και το 1829, με τη μάχη στα στενά της Πέτρας, απελευθερώνεται από τους Οθωμανούς.
Η ενότητα 14 ξεκινά με την Προθήκη 209 όπου εκτίθενται νομίσματα της Οθωμανικής αυτοκρατορίας μαζί με Βενετικά, κυρίαρχης δύναμης σε πολλές περιοχές του ελλαδικού χώρου. Στο βάθρο 150 παρουσιάζονται οθωμανικές επιτύμβιες στήλες και μια εβραϊκή από τη Θήβα. Ακολουθούν αντικείμενα της καθημερινής ζωής (βάθρα 151-152), από τα οποία ξεχωρίζουν οι πίπες
καπνού και οι μικρές κούπες για καφέ. Η ενότητα του πολέμου αντιπροσωπεύεται με τα μολύβδινα σφαιρίδια–βλήματα της Προθήκης 210 και το ξίφος της Προθήκης 211. Στην Προθήκη 212 παρουσιάζονται αντικείμενα που συνδέονται με την ορθόδοξη λατρεία, ενώ η ενότητα ολοκληρώνεται με την αποτοιχισμένη τοιχογραφία από τη Θήβα που αποδίδεται στο εργαστήριο των αδελφών Κονταρή (βάθρο 153).
Στη συνέχεια ο επισκέπτης εισέρχεται πάλι στην αίθουσα υποδοχής, από όπου μπορεί να επισκεφθεί τον αύλειο χώρο (ενότητα 17).