Ο ελλαδικός χώρος αποτελεί πλέον ένα από τα πολλά τμήματα της ρωμαϊκής αυτοκρατορίας, δίχως σημαντικό ρόλο. Ωστόσο η μακροχρόνια ειρήνη (paxromana) εξασφαλίζει ορισμένα οφέλη. Στη Βοιωτία ακμάζουν τα λιμάνια του Κορινθιακού και του Ευβοϊκού Κόλπου και λαμβάνεται αυτοκρατορική μέριμνα για τη λειτουργία των αναχωμάτων της Κωπαΐδας.
Η επικράτηση του Οκταβιανού στη ναυμαχία του Ακτίου (31 π.Χ.) σήμανε την πλήρη κυριαρχία της Ρώμης στην ανατολική Μεσόγειο και τη μακροχρόνια ειρήνη. Στο πλαίσιο της ρωμαϊκής διοίκησης η Στερεά Ελλάδα, η Πελοπόννησος, η νότια Ήπειρος, τα Ιόνια νησιά και οι Κυκλάδες εντάχθηκαν στην επαρχία της Αχαΐας με έδρα την Κόρινθο.
Οι επαρχίες διοικούνταν από συγκλητικούς, ενώ οι πόλεις μπορούσαν να απευθύνονται απευθείας στον αυτοκράτορα για την επίλυση σοβαρών θεμάτων, για παράδειγμα συνοριακές διαφορές και φυσικές καταστροφές. Τα οικονομικά θέματα ρυθμίζονταν με αυτοκρατορικά διατάγματα, όπως το «διάταγμα» (edictum) του αυτοκράτορα Διοκλητιανού σχετικά με τον καθορισμό των ανώτατων επιτρεπόμενων τιμών των αγαθών, αντίγραφα του οποίου βρέθηκαν στη Θήβα, τις Θεσπιές, τις Πλαταιές και τη Λεβάδεια. Πολιτικοί λόγοι επέβαλαν τη λατρεία του θεοποιημένου αυτοκράτορα και των μελών της οικογένειάς του.
Οι πόλεις της Βοιωτίας διατήρησαν έναν βαθμό αυτοδιοίκησης, προσαρμόζοντας όμως τους θεσμούς στους νόμους και τη διοίκηση της αυτοκρατορίας. Διατηρήθηκαν παλαιά αξιώματα, αλλά στη βουλή μετείχαν ευκατάστατοι πολίτες αφοσιωμένοι στην πολιτική των αυτοκρατόρων και ο δήμος αρκείτο στην επικύρωση των προτάσεών της. Οι ίδιοι πολίτες αναλάμβαναν διάφορε ςλειτουργίες, όπως η γυμνασιαρχία και η αγωνοθεσία, η συντήρηση των ιερών και η διοργάνωση εορτών.
Το Κοινότων Βοιωτών υποβαθμίστηκε ουσιαστικά σε θρησκευτική ένωση, με σκοπό την οργάνωση αγώνων και εορτών και την τέλεση της αυτοκρατορικής λατρείας. Πολιτικά και οικονομικά η Θήβα έχει περάσει πλέον στο περιθώριο, ενώ αντίθετα ακμάζουν οι Θεσπιές, η Τανάγρα, οι Πλαταιές, η Ακραίφια, η Λεβάδεια,η Χαιρώνεια και τα επίνεια του Κορινθιακού Κόλπου– Κρεύσις (Λιβαδόστρα), Σίφαι (Αλυκή), Θίσβη – και του Ευβοϊκού – Ανθηδόνα και Δήλιον (Δήλεσι) – εξυπηρετώντας το εμπόριο.
Σχετικά περιθωριοποιημένη, η Βοιωτία δέχτηκε την επίσκεψη δύο μόνον αυτοκρατόρων, του Νέρωνα (66-67 μ.Χ.) και του Αδριανού (125 μ.Χ.). Στα χρόνια του αυτοκράτορα Αδριανού (117-138 μ.Χ.) και των διαδόχων του (138-180 μ.Χ.) σημειώνεται σε όλη την αυτοκρατορία πολιτιστική και οικονομική ανάπτυξη.
Από το τέλος όμως του 2ου και κατά τον 3οαιώνα μ.Χ. εντάθηκαν οι πόλεμοι στα σύνορα της αυτοκρατορίας και οι βαρβαρικές επιδρομές, με αποτέλεσμα την αύξηση των φόρων, την ερήμωση της υπαίθρου και την περαιτέρω αποδυνάμωση των πόλεων της μητροπολιτικής Ελλάδας. Η αναδιοργάνωση της αυτοκρατορίας από τον Διοκλητιανό (284-305 μ.Χ.) και η μεταφορά της πρωτεύουσας από τη Ρώμη στο Βυζάντιο (330 μ.Χ.) δεν είχαν ιδιαίτερο αντίκτυπο στην περιοχή της Βοιωτίας. Τον 3ο αιώνα μ.Χ. υπό την απειλή των βαρβαρικών επιδρομών, τα τείχη διαφόρων πόλεων, όπως των Θεσπιών και Πλαταιών, ενισχύονται ή χτίζονται εκ νέου. Ωστόσο το 267 μ.Χ. η Λεβάδεια καταστρέφεται από την επιδρομή των Ερούλων και η περιοχή λεηλατείται.
Η καθημερινή ζωή σημαδεύεται από έντονη κοινωνική ανισότητα. Το μεγαλύτερο τμήμα του πληθυσμού στη Βοιωτία ζει φτωχικά καλλιεργώντας τη γη που ανήκει σε γαιοκτήμονες, ενώ ο αριθμός των εμπόρων και των βιοτεχνών στις πόλεις είναι σχετικά μικρός.
Την υψηλότερη κοινωνική θέση κατέχουν οι πλούσιοι γαιοκτήμονες. Τμήματα μεγάλων αγροικιών έχουν εντοπιστεί σε διάφορα σημεία της Βοιωτίας (Ακραίφνιο, Χαιρώνεια, Τανάγρα, Τιλφούσιο). Πρόκειται για κτήρια μεικτού χαρακτήρα, με ταυτόχρονη χρήση κατοικίας, βιοτεχνικής παραγωγής και επεξεργασίας αγροτικών προϊόντων.
Από τους διάφορους τομείς της τέχνης, η γλυπτική εκφράζει καλύτερα το πνεύμα της εποχής.
Η κεραμική, ως καλλιτεχνική έκφραση, έχει περάσει ήδη στο περιθώριο και προορίζεται μόνο για την εξυπηρέτηση καθημερινών αναγκών. Η μαζική παραγωγή τυποποιημένων κεραμικών προϊόντων εντάθηκε και τα κέντρα παραγωγής πολλαπλασιάστηκαν. Τα αγγεία είναι πλέον κυρίως αβαφή ή με ερυθρό επίχρισμα και ενίοτε φέρουν εγχάρακτη ή ανάγλυφη διακόσμηση (terra sigillata). Στη Βοιωτία κεραμικοί κλίβανοι έχουν εντοπιστεί στο Ακραίφνιο και στο παραλιακό Δήλιον.
Τέλος, γενικεύτηκε η χρήση του γυαλιού (η οποία έως τότε ήταν περιορισμένη) για την κατασκευή μικρού μεγέθους οικιακών σκευών, με την τεχνική της ελεύθερης εμφύσησης ή εμφύσησης σε μήτρα.
Η ενότητα των ρωμαϊκών χρόνων υποδέχεται τον επισκέπτη με την χαρακτηριστική προτομή μίας ιέρειας (βάθρο 94). Κατόπιν παρουσιάζεται η πολιτειακή δομή στη ρωμαϊκή Βοιωτία και η αυτοκρατορική λατρεία.
Η ενεπίγραφη στήλη από το Ακραίφνιο στο βάθρο 95 περιέχει τη «διακήρυξη ανεξαρτησίας» των Ελλήνων, που εκφώνησε ο αυτοκράτορας Νέρων στα Ίσθμια το 67 μ.Χ., ενώ στο τιμητικό ψήφισμα από το Ακραίφνιο του 1ου αιώνα μ.Χ. (βάθρο 96) τιμώνται δύο ευεργέτες, ο Δημήτριος και ο Εμπέδωνας, οι οποίοι σε περίοδο οικονομικής στενότητας πρόσφεραν στην πόλη μία σειρά από υπηρεσίες. Νομίσματα από «θησαυρό» εκτίθενται στην Προθήκη 163. Η προτομή του αυτοκράτορα Αδριανού κοσμεί το εντυπωσιακό μετάλλιο, το οποίο ίσως ήταν εγκιβωτισμένο σε τείχος (αρ. 99), ενώ στο χώρο δεσπόζει ο ανδριάντας του αυτοκράτορα Αδριανού από την Κορώνεια (αρ. 98).
Οι δύο εικονιστικές κεφαλές (Προθ. 162) είναι χαρακτηριστικές της τέχνης της εποχής. Η Προθήκη 164 φιλοξενεί κεραμική και λύχνους με μήτρα, οι ωραιότεροι από τους οποίους προέρχονται από τη Χαιρώνεια, και αντίστοιχα η Προθήκη 165 χαρακτηριστικά προϊόντα υαλουργίας κα ικεραμικής. Στην Προθήκη 166 παρουσιάζεται η οικιστική οργάνωση με αντικείμενα από αγροικίες και περιαστικές οικίες, όπως κεραμική, μαχαίρια, δρεπάνι, καρφιά, αμφορείς, σφονδύλια, υφαντικά βάρη και νομίσματα. Ξεχωρίζει το χρυσόδετο σφραγιστικό δακτυλίδι με παράσταση της “Fortuna” (Τύχη). Αγαλμάτια του Ερμαφρόδιτου εκτίθενται στο βάθρο 101 και μία χάλκινη σαρκοφάγος (λουτήρας) στο βάθρο 102.
Στη συνέχεια ο επισκέπτης εισάγεται στη λατρεία στο ιερό της Αρτέμιδος Αυλιδείας,που άκμαζε στους ρωμαϊκούς χρόνους. Εκτίθεται το άγαλμα αυτοκράτειρας στον τύπο της Αρτέμιδος (βάθρο103) και άγαλμα ιέρειας (βάθρο 104) στον τύπο της «μικρής Ηρακλειώτισσας», που είχε τοποθετηθεί σε βάθρο άλλου αφιερώματος, της ιέρειας Ζωπυρείνας, με αρχική επιγραφή «Ο Μνάσων και η Αθηνώ αφιέρωσαν την κόρη Ζωπυρείνα στο ιερό της Αυλιδείας Αρτέμιδος, να υπηρετεί τη θεά ως ιέρεια».
Ακολουθεί μία σειρά λίθινων γλυπτών σχετικών με ανατολικές θεότητες (Όσιρις, Ίσιδα, Σαβάζιος και Κυβέλη) στα βάθρα 105-108, οι οποίες ήταν ιδιαίτερα διαδομένες την αυτοκρατορική περίοδο.
Στην επόμενη θεματική ενότητα παρουσιάζονται τα ταφικά έθιμα της ρωμαϊκής περιόδου, με χαρακτηριστικά κτερίσματα (Προθ. 167-167α), κυψέλη ως ταφικό αγγείο (βάθρο 109) και επιτύμβια μνημεία (κιονίσκοι, μαρμάρινη οστεοθήκη και βωμός με την προσφιλή στη Βοιωτία παράσταση ήρωα-ιππέα, στα βάθρα 110-112). Τέλος, στο βάθρο 113 εκτίθεται επιτύμβια στήλη με το εντυπωσιακό ζωγραφικό πορτρέτο του νεαρού Θεόδωρου, ενώ στην πίσω πλευρά επαναλαμβάνεται το όνομα, χωρίς παράσταση.
