Στην ακρόπολη της Θήβας

Στον χώρο του Μουσείου, εκεί όπου άλλοτε βρισκόταν το βόρειο άκρο της αρχαίας ακρόπολης Καδμείας, διασώθηκε ένα τεκμήριο της πανάρχαιας ιστορίας της Θήβας.
Στην Πρώιμη Εποχή του Χαλκού (περ. 2500 π.Χ.) χτίστηκε ένα ξεχωριστό για την εποχή οικοδόμημα, επίμηκες και με αψιδωτή τη δυτική στενή πλευρά. Περιβαλλόταν απόψηλό και στιβαρό περίβολο, χτισμένο με ωμοπλίνθους επάνω σε λίθινο θεμέλιο, ενώ με την ίδια τεχνική είχε κατασκευαστεί και το ίδιο το οικοδόμημα. Το κτήριο στεγαζόταν με σκεπή από ξύλινα δοκάρια και δόρωση (καλαμωτή) καλυμμένη με στρώματα πηλού. Εσωτερικά διέθετε τρία συνεχόμενα δωμάτια, τα οποία συμπληρώνονταν από έναν ημιυπαίθριο χώρο για τις εξωτερικές εργασίες. Διέθετε επίσης εστίες και κατάλληλα διαμορφωμένους χώρους, όπου στερεώνονταν μεγάλα πιθάρια με δημητριακά και όσπρια. Φαίνεται ότι στο κτήριο αυτό διέμενε μια αρκετά εύπορη οικογένεια,από τις σημαντικότερες ίσως του οικισμού. Γύρω στο 2300/2200 π.Χ. το κτήριο καταστράφηκεκαι πάνω στις σωρούς των χωμάτων και των διαλυμένων ωμοπλίνθων ενταφιάστηκαν ομαδικά τουλάχιστον δώδεκα άτομα, ενήλικες και παιδιά, μαζί με χαρακτηριστικά αγγεία της εποχής. Ακολούθως, όλη η περιοχή μέσα και γύρω από το μνημειώδες κτήριο σφραγίστηκε με έναν μεγάλο τύμβο από στρώσεις ωμοπλίνθων.
Στη Μέση Εποχή του Χαλκού (2000-1700 π.Χ.) η περιοχή του τύμβου χρησιμοποιήθηκε ως νεκροταφείο. Διανοίχθηκαν κιβωτιόσχημοι και λακκοειδείς τάφοι, πιθανώς σε μια προσπάθεια διατήρησης της σχέσης με τους μακρινούς προγόνους.
Αρκετούς αιώνες αργότερα, στους μυκηναϊκούς ανακτορικούς χρόνους (14ος-13ος αι. π.Χ.), τμήμα του οχυρωματικού τείχους που περιέβαλλε την Καδμεία θεμελιώθηκε στην ίδια θέση, καταστρέφοντας ένα μέρος του τύμβου.