Πρωτοελλαδικοί - Μεσοελλαδικοί χρόνοι

Η Εποχή του Χαλκού διαδέχεται αυτήν του Λίθου. Χαρακτηρίζεται από την εντατικοποίηση της κτηνοτροφίας και της καλλιέργειας δημητριακών, οσπρίων, ελαιόδεντρων και αμπέλων, την πρόοδο της τεχνολογίας, την βαθμιαία ανάπτυξη της μεταλλουργίας με τη γενίκευση της χρήσης του χαλκού, αλλά και την επέκταση των επαφών με περιοχές της ανατολικής Μεσογείου και της Ευρώπης.
Χρονολογικά διακρίνεται στις ακόλουθες περιόδους, κάθε μία από τις οποίες προσδιορίζεται από τα δικά της ιδιαίτερα χαρακτηριστικά: Πρώιμη (3200-2000 π.X.), Μέση (2000-1700 π.Χ.) και Ύστερη (1700-1050 π.Χ.).
Η Βοιωτία φαίνεται να πρωταγωνιστεί καθ’ όλη τη διάρκεια αυτής της εποχής. Κατά την Πρώιμη Εποχή του Χαλκού η ζωή συνεχίστηκε σε ορισμένους απότους παλαιούς νεολιθικούς οικισμούς, ενώ ιδρύθηκαν νέοι σε καίριες θέσεις, ώστε να ελέγχουν εύφορες εκτάσεις, περάσματα και τους δρόμους προς τα φυσικά λιμάνια του Κορινθιακού και του Ευβοϊκού κόλπου.
Σημαντικότεροι ήταν οι οικισμοί της Θήβας,του Ορχομενού, της Εύτρησης και των Λιθαρών. Τα οικήματα ήταν συνήθως ορθογώνια, κτισμένα είτε με λίθινη θεμελίωση και τοίχους από άψητες πλίνθους, είτε με ξύλινους πασσάλους, κλαδιά και λάσπη. Στο εσωτερικό τους υπήρχαν πιθάρια για την αποθήκευση τροφών, εστίες και φούρνοι.
Ιδιομορφία στην περιοχή του Ορχομενού αποτελεί η κατασκευή κτιστών κυκλικών οικοδομημάτων. Στη Θήβα, η οποία θεωρείται από τους μεγαλύτερους οικισμούς της Στερεάς Ελλάδας τη συγκεκριμένη εποχή, είναι γνωστά μέχρι σήμερα τέσσερα μεγάλα αψιδωτά οικήματα, καθώς και ορθογώνια κτήρια του τύπου με διαδρόμους. Τα τελευταία ξεχωρίζουν από τα υπόλοιπα, υποδηλώνοντας την ύπαρξη κοινωνικής διαφοροποίησης.
Η αποθήκευση μεγάλου μέρους της γεωργικής παραγωγής, αλλά και οι σφραγίδες που βρέθηκαν στο εσωτερικό ξεχωριστών οικιών, δείχνουν την ανάγκη να περιφρουρηθεί ο πλούτος που δημιούργησε η οργανωμένη γεωργική καλλιέργεια. Χαρακτηριστικό παράδειγμα κατοικίας μιας εύπορης οικογένειαςαποτελεί αυτή που σώζεται στα θεμέλια του μουσείου και είναι επισκέψιμη στην ενότητα 16.
Η πολεοδομική οργάνωση της Θήβας, η έκταση του οικισμού και τα μεγάλα κτήρια μαρτυρούν την έναρξη της διαδικασίας αστικοποίησης. Άλλοι οικισμοί, όπως οι Λιθαρές, είχαν μικρότερη έκταση, ενώ πολλοί αποτελούσαν δορυφόρους μεγαλύτερων.
Η Μέση Εποχή του Χαλκού άρχισε με μια μακρά περίοδο ανακατατάξεων και προετοιμασίας. Η Βοιωτία παρέμεινε πυκνοκατοικημένη, με κυριότερα κέντρα τη Θήβα και τον Ορχομενό, ενώ συνεχίστηκε η ζωή σε θέσεις όπως η Εύτρηση. Ωστόσο, για κανένα κτήριο δεν αναγνωρίζεται κάποια ιδιαίτερη λειτουργία, ενώ και τα ευρήματά τους έχουν μάλλον οικιακό χαρακτήρα.
Χαρακτηριστικές για την εποχή είναι οι ταφές σε κιβωτιόσχημους τάφους και πίθους μέσα στον οικισμό.
Προς το τέλος της Μέσης Εποχής του Χαλκού παρατηρείται ανάκαμψη και η αρχή της διαμόρφωσης μιας ισχυρής ηγετικής τάξης, σύμφωνα με τα στοιχεία που παρέχουν οι ατομικές ταφές σε μεγάλους κιβωτιόσχημους τάφους.
Στις Προθήκες 28-35 ο επισκέπτης έχει την ευκαιρία να πιστοποιήσει τις αλλαγές που έχουν συντελεστεί από την προηγούμενη περίοδο και να κατανοήσει αυτές που θα ακολουθήσουν. Αρχικά θα αντικρύσει δύο πολύ χαρακτηριστικά βοιωτικά αγγεία, ένα κύπελλο με πτυχωτό χείλος και μία τεφρή μινύεια κύλικα, από την Πρώιμη και Μέση Εποχή του Χαλκού αντίστοιχα. Ένα ελεφαντοστέινο ειδώλιο γυναίκας, κυκλαδικού τύπου, και πήλινα αγγεία επιβεβαιώνουν τις καλλιτεχνικές σχέσεις με τις Κυκλάδες.
Μια ιδέα για τον πλούτο της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού σχηματίζει ο επισκέπτης από τα χρυσά κοσμήματα, τα οποία βρέθηκαν σε ηγεμονικό τάφο της Θήβας, ενώ μια σειρά σφραγίδων από διάφορες θέσεις της Βοιωτίας μαρτυρεί το επίπεδο της διοικητικής οργάνωσης των οικισμών (Προθ. 31).
Η λατρεία απαιτεί πλέον εξειδικευμένα αντικείμενα, όπως τα ειδώλια ταύρων της Προθήκης 32. Ένας μοναδικός«θησαυρός» χάλκινων εργαλείων (πελέκεις και σμίλες), μαζί με το αγγείο στο οποίο τα φύλαξαν (Προθ. 33) εκπλήσσει με την ομοιότητα που παρουσιάζει με σύγχρονα αντικείμενα και αποδεικνύει το υψηλό επίπεδο τεχνογνωσίας που διέθεταν οι μεταλλουργοί της Πρώιμης Εποχής του Χαλκού. Τα εργαλεία βρέθηκαν καταχωμένα κάτω από το δάπεδο μεγάλου αψιδωτού κτηρίου, όπου τα είχε κρύψει ο κάτοχός τους δίχως να επιστρέψει.
Εργαλεία, όπλα και κοσμήματα από διάφορες βοιωτικές θέσεις εκτίθενται και παρακάτω. Η Προθήκη 35, εκτός από πιθανώς εισηγμένα αγγεία, φιλοξενεί και τα κτερίσματα ομαδικής ταφής 12 ατόμων στο υπόγειο του Μουσείου (βλ. ενότητα 16), καθώς και μια σειρά αγγείων της Πρώιμης και Μέσης Εποχής του Χαλκού.